En 1904, Émile Combes qui est Président du Conseil des ministres (équivalent du Premier Ministre), crée une loi qui retire aux religieux et aux religieuses le droit d'enseigner, dans les écoles publiques et privées. Cette loi fait polémique dans les milieux catholiques, qui manifestent leur mécontentement dans les journaux, au travers de caricatures notamment. 

La loi Combes est supprimée par la loi du 3 septembre 1940 du Régime de Vichy, qui autorise à nouveau les congrégations enseignantes et rétablit l'instruction religieuse dans les écoles laïques. Le maréchal Pétain avait un projet de « Révolution nationale » et l'Église est un de ses principaux alliés pour redresser la jeunesse sur le plan moral.

À la Libération, le Gouvernement provisoire de la République française restaure les lois républicaines. La laïcité à l'école est donc réaffirmée avec force. 

L'Alsace-Moselle représente un cas particulier. Cette région était allemande depuis 1871. Elle n'était donc déjà plus française quand la loi de 1904 a été votée. En 1918, elle est réintégrée à la France. En 1924, Édouard Herriot, qui est le Prédisent du Conseil et le chef du Cartel des gauches veut y faire appliquer le principe de laïcité. C'est un échec car la population locale reste très attachée à la religion. Aujourd'hui, l'enseignement religieux en Alsace et en Moselle est toujours d'actualité. Un cours d'instruction religieuse est prévu dans les écoles publiques, de classe de CP à la Terminale.